农工党的组织原则是民主集中制：

（一）党员个人服从党的组织，少数服从多数，下级组织服从上级组织，全党各个组织和全体党员服从党的全国代表大会和中央委员会。

（二）各级委员会由同级代表大会或党员大会选举产生。

（三）党的最高领导机构是全国代表大会和它选举产生的中央委员会。

地方各级领导机构是地方各级代表大会或党员大会和它选举产生的委员会。

各级委员会向同级的代表大会或党员大会负责并报告工作。

（四）各级委员会实行集体领导和分工负责制度。凡属重要决策、干部任免和重要事项，由领导班子充分酝酿，民主讨论并形成决议。重大事项须经常委会或全委会讨论通过。

（五）上级组织要加强对下级组织的领导，充分调动他们的积极性和创造性，指导下级组织工作，经常了解、听取下级组织和党员的意见和诉求，及时处理他们所提出的问题。下级组织要执行上级组织的决议和决定，向上级组织请示和报告工作。

农工党的组织发展方针是：坚持以医药卫生、人口资源和生态环境领域人士为主、以大中城市为主、以有一定代表性人士为主，注重质量，保持特色，组织发展与后备干部队伍建设相结合。

农工党的各级代表大会、党员大会和委员会召开会议，必须超过应到人数的半数出席方能举行；通过决议和决定，执行少数服从多数的原则。选举各级代表大会的代表和各级委员会的委员，要广泛听取对候选人的意见，充分协商，采用无记名投票方式进行。选举办法须报上级组织批准。必要时，上级组织可以调整下级组织的负责人。

县级及以上委员会，必要时可以召集代表会议，讨论和决定需要及时解决的重大问题。代表会议的召开、代表的名额和产生办法，由召集代表会议的委员会决定，报上一级组织批准。

地方组织的建立、撤销、合并、改建，须报中央批准。筹建中的地方组织领导班子成员，由上一级组织任命。

农工党的内部监督机构为监督委员会，由同级委员会决定设立。

中央和省、自治区、直辖市委员会可设直属基层组织，必要时可设置直属工作委员会，领导和管理直属基层组织。直属工作委员会不是一级地方组织，其职权范围和组成人员由中央和省、自治区、直辖市组织决定。